Tal como nos jogos anteriores da série Assassin's Creed, a história é dividida em duas metades entrelaçadas, uma no presente, outra num ambiente histórico, onde os eventos de uma influenciam a outra. A componente moderna começa depois dos eventos de Assassin's Creed III em 2013, com a personagem do jogador a ser contratado pela Abstergo Entertainment,9 subsidiária da Abstergo Industries, para usar o Animus e examinar as memórias de Desmond Miles e dos seus ancestrais.8 No entanto apesar de ser dito que o Animus pode apenas ser usado para ver as memórias de um ancestral directo, ficou sugerido no final de Assassin's Creed III que o Animus estará a funcionar em nuvem.17 Com esta nova possibilidade, a Abstergo pediu ao jogador para se concentrar especificamente nas memórias do Assassino Edward Kenway, pirata e corsário que viveu na Era Dourada dos Piratas, pai de Haytham Kenway e avô de Ratonhnhaké:ton (Connor), os personagens jogáveis de Assassin's Creed III
